СПЕЦИФІКА ГЕНОТИПОВОЇ СТРУКТУРИ РІЗНИХ ПОРІД СВІЙСЬКИХ СОБАК ЗА МІКРОСАТЕЛІТАМИ ДНК
Анотація
В результаті аналізу генотипового поліморфізму свійських собак (Canis canis) Встановлено, що найбільшим рівнем поліморфізму за показниками генотипової мінливості (Ng=18,4; Ng1=8,6; Ng2=4,8 та Ngunic=5,8) характеризуються тварини породи німецька вічарка, середнім рівнем генотпової мінливості характеризувались російські тойтер’єри (Ng=10,8; Ng1=5,8; Ng2=3,2 та Ngunic=1,4), а найбільш консолідованою на генотиповому рівні виявилась порода німецький дог (Ng=10,4; Ng1=5; Ng2=3 та Ngunic=0). За 2 з 5 досліджених мікросателітних локусів (FHC2010 та FHC2054) спектри генотипового поліморфізму в усіх досліджених порід були однаковими за своїм розмахом (LimNg), за рештою локусів найменшим розмахом характеризуються німецькі доги, а найбільшим – вівчарки. Російські той-тер’єри характеризуються максимальним розмахом спектрів генотипового поліморфізму, за локусами PEZ01 та FHC2010, і середнім розмахом за локусом PEZ06 (174-202 п.н.). Найчастіше, для 4-х мікросателітних локусів з 5 досліджених (крім PEZ06) найбільшою кількістю генотипових варіантів (Ng=18,4) характеризуються вівчарки. За локусом PEZ06 найбільшу кількість генотипових варіантив (Ng=14) виявлено у той тер’єрів. За рештою локусів кількість виявлених генотипів між догами та той тер’єрами відрізнялась несуттєво (1-4 генотипи). Слід відмітити, що відмінності між дослідженими породами за кількістю виявлених генотипових варіантів була достовірною лише для локусів PEZ06 (р<0,001) та FHC2054 (р<0,05). Всі досліджені мікросателітні локуси характеризувались середньою кількістю (15,5) різних генотипових варіантів. Загальна їх кількість у особин даного виду коливалась від 15 (за локусом FHC2010) до 27 (за локусом FHC2054). При цьому, найвищий рівень генотипового поліморфізму було зафіксовано за локусом PEZ08 у німецьких вівчарок (Ng=24). Найменш поліморфним виявився локус FHC2010 у тварин породи російський той тер’єр (Ng=7). В усіх досліджених породах, за всіма локусами зафіксовано певну консолідованість за окремими генотипами. За 3 з 5 локусів (PEZ01, PEZ08 та FHC2010) у представників порід німецька вівчарка та німецький дог ці генотипи були однаковими, за цими ж локусами було виявлено однакові найпоширеніші генотипи і в вівчарок та той тер’єрів, а в догів і тойтер’єрів однакові найпоширеніші генотипи було виявлено за локусами PEZ06 та FHC2054. Причому, генотипи PEZ06182/206, PEZ06166/174, FHC2054168/172, FHC2054140/160 та FHC2054156/160 є породоспецифічними для вівчарок.
Посилання
2. Yilmaz, O., 2017. Controversies of Origin of Domestic Dog-III-References of Modern Dogs until 2006. Sch J Agric Vet Sci, no. 4 (11), pp. 484-490.
3. Ostrander, E.A., Dreger, D.L., Evans, J.M., 2019. Canine Cancer Genomics: Lessons for Canine and Human Health. Annu Rev Anim Biosci, no. 15 (7), pp. 449-472. doi: 10.1146/annurev-animal-030117-014523.
4. Lindblad-Toh, K., Wade, C.M., Mikkelsen, T.S., Karlsson, E.K., Jaffe, D.B., [et al.], 2005. Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog. Nature, no. 438 (7069) pp. 803-19. doi: 10.1038/nature04338.
5. Flicek. Ed.P., 2000. Dog assembly and gene annotation. The European Bioinformatics Institute, Sanger Institute, Available at:
6. Altet, L., Francino, O., Sanchez, A., 2001. Microsatellite Polymorphism in Closely Related Dogs. Journal of Heredity, no. 92 (3), pp.276-279. doi: 10.1093/jhered/92.3.276
7. Graham, E.A., 2005. Nonhuman DNA. Forensic science, medicine, and pathology, no. 1 (2), pp. 159-161.
8. Dzitsyuk, V.V., Yashchenko, V.M., Kruhlyk, S.H., Melʹnyk, O.V., Shelyov, A.V., Spyrydonov, V.H. and Melʹnychuk, S.D., 2012. Henetychna identyfikatsiya sobak [Genetic identification of dogs]. Kyiv: Publishing Center of NUBiP, Ukraine.
9. StockMarks™ for Dogs Genotyping Kit, canine, with protocol. Available at:
10. Hellmann, A.P., Rohleder, U., Eichmann, C., Pfeiffer, I., Parson, W., Schleenbecker, U., 2006. A proposal for standardization in forensic canine DNA typing: allele nomenclature of six canine-specific STR loci. J Forensic Sci, no. 51 (2), pp. 274-81. doi: 10.1111/j.1556-4029.2006.00049.x.
11. Kanthaswamy, S., Tom, B.K., Mattila, A.M., Johnston, E., Dayton, M., Kinaga, J., Erickson, B.J., Halverson, J., Fantin, D., De Nise, S., Kou, A., Malladi, V., Satkoski, J., Budowle B., Smith, D.G., Koskinen, M.T., 2009. Canine population data generated from a multiplex STR kit for use in forensic casework. J Forensic Sci, no. 54 (4), pp. 29-40. doi: 10.1111/j.1556-4029.2009.01080.x.
12. Tom, B.K., Koskinen, M.T., Dayton, M., Mattila, A.M., Johnston, E., Fantin, D., Denise, S., Spear, T., Smith, D.G., Satkoski, J., Budowle, B., Kanthaswamy, S., 2010. Development of a nomenclature system for a canine STR multiplex reagent kit. J Forensic Sci, no. 55 (3), pp. 597-604. doi: 10.1111/j.1556-4029.2010.01361.x.
13. Peakall, R., Smouse, P.E. 2012. GenAIEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research – an update. Bioinformatics, no. 28, pp. 2537-2539.
14. Kalinowski, S.T., 2005. HP-Rare: a computer program for performing rarefaction on measures of allelic diversity. Molecular Ecology Notes, no. 5, pp. 187-189.
15. Hammer, O., Harper, D.A.T., Ryan, P.D., 2001. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontologia Electronica, no. 4, pp. 1-9.
ISSN 
ISSN 
